Maria Hill y Nicholas Fury visitaron la instalación principal del Proyecto P.E.G.A.S.U.S. para monitorear la extraña energía que el Teseracto estaba emitiendo. Al oír que el Teseracto era inestable, Fury le ordenó que garantizara que la información del protocolo Fase 2 fueran enviados. Durante su visita, Loki fue trasportado a la Tierra a través del poder del Teseracto. Él puso bajo su control a varios agentes de S.H.I.E.L.D. y asesinó a otros.

Después de obtener el Teseracto, Loki utilizó a dos agentes, a Clint Barton y a Erik Selvig para escapar en una camioneta de S.H.I.E.L.D.. Viendo lo sucedido, Hill los persiguió e intentó dispararle en el sistema de túneles de la instalación, pero no logró detener a Loki. El portal en el que Loki llegó comenzó a derrumbarse y creó una poderosa oleada de energía que colapsó el área alrededor de ella destruyendo las instalaciones. Hill quedó atrapada entre los escombros, pero sobrevivió. Ella llamó por radio a Nicholas Fury, informando lo ocurrido y preguntándole que deberían de hacer. Él le dijo que ahora estaban en guerra.[1]

Reuniendo a los Vengadores
Después de la destrucción de las instalaciones, Hill se reportó de vuelta en el Helicarrier y ayudó en la administración de los eventos. Ella estaba presente cuando Fury reunió a los Vengadores. Cuando Tony Stark llegó y empezó a hablar en detalle acerca de cómo Erik Selvig podría utilizar el Teseracto, Hill lo cuestionó diciendo que cuando él se había convertido en un experto en astrofísica termonuclear y Stark respondió diciendo que anoche. Hill no notó cuando Tony Stark implantó un dispositivo en el computador del Helicarrier para descargar todos los archivos de S.H.I.E.L.D..

Maria Hill y Phil Coulson observaron desde un monitor como Nicholas Fury y los Vengadores discutían, mientras estaban bajo la influencia del Cetro de Loki. Fueron interrumpidos cuando Clint Barton disparó una flecha explosiva en uno de los motores del Helicarrier y éste empezó a perder altura. Maria Hill rápidamente se dio cuenta de que el motor no funcionaba y le pidió a alguien que consiguiera que éste se pusiera en marcha otra vez. Tony Stark aceptó reparar el motor con la ayuda de Steve Rogers. Hill y Nicholas Fury se quedaron en la sala de control y se aseguraron de que las fuerzas invasoras no tomaran el control del Helicarrier.[1]

Batalla de Nueva York
Luego del ataque, se le informó que el Agente Phil Coulson había sido asesinado por Loki y estuvo presente cuando Nicholas Fury le dio un discurso a Steve Rogers y Tony Stark, explicando sus intenciones con el Teseracto y las razones para formar a los Vengadores. Se acercó a Fury un poco más tarde y le comentó que las tarjetas de colección que Fury le había mostrado al Capitán América no estaban en la chaqueta de Coulson como Fury había contado, que éstas estaban en su casillero. Fury se defendió afirmando que "necesitaban un empujón". La mentira fue finalmente un éxito debido que fue la causa de que los Vengadores se unieran y atacaran a Loki.

Hill monitoreó la Batalla de Nueva York, y le informó a Fury que el Consejo de Seguridad Mundial había tomado el control de un avión de S.H.I.E.L.D., con el propósito de bombardear la ciudad de Nueva York y de esa manera, detener la invasión Chitauri. A pesar de los esfuerzos de Hill y Nicholas Fury, el avión despegó y disparó un misil contra la ciudad de Nueva York. Hill observó a través de los monitores como Iron Man voló con el misil hacía el agujero de gusano y detuvo la invasión de Loki. Aunque parecía que Stark había muerto en la misión, pudo ser reanimado por los Vengadores.[1]

Secuelas
Después de que los Vengadores detuvieran la invasión, Hill habló con Nicholas Fury acerca de si los Vengadores permanecerían juntos. Fury le dijo que lo harían, porque el mundo los necesitaría. Hill aceptó esta respuesta y volvió al centro del Helicarrier y reanudó su trabajo.[1]

Nuevas acciones
Formando el Equipo de Coulson
Hill entrevistó y evaluó al Agente Grant Ward después de que éste tuviera éxito en una misión en París, Francia. Ward, después de haber sido evaluado, fue asignado al equipo recién creado del Agente Coulson. Él cuestionó la asignación debido que se había enterado que Coulson había muerto en acción, pero fue ascendido al nivel 7, donde se enteró de que él estaba vivo.

Hill también supervisó la primera misión del equipo, para investigar al grupo de Marea Creciente y al héroe encapuchado. Durante este tiempo, tanto ella como el Doctor Streiten hablaron de su preocupación sobre el estado de Phil Coulson después de la recuperación de él en Tahití por causa de su muerte, y también acerca de la falta de conocimiento de él sobre las verdaderas circunstancias que rodeaban su muerte.

El Agente Coulson se reportó más tarde directamente a Hill después de que Michael Peterson fue sedado con éxito en Los Ángeles.[2]

Sublevación de HYDRA
Antes de la puesta en marcha del Proyecto Insight, Nicholas Fury llamó a Hill desde Washington, D.C. después de que él descubrió las verdaderas intenciones de S.H.I.E.L.D. para el Proyecto Insight. Fury le ordenó a Hill que viniera a Washington, D.C. en las próximas horas. Unos segundos después que la llamada telefónica terminó, Nicholas Fury fue atacado por HYDRA.

Luego de la aparente muerte de Nicholas Fury en manos del Soldado del Invierno, Hill llevó a Fury a un lugar secreto para que pudiera sanar y comenzó a reunir información acerca de la verdad de lo que estaba pasando en S.H.I.E.L.D..

Después de que Steven Rogers, Natalia Romanoff, y Samuel Wilson descubrieron la infiltración de HYDRA dentro de la organización, fueron capturados durante una batalla contra el Soldado del Invierno. Hill logró atacar a un guardia de HYDRA y ponerse su uniforme. Ella se coló en el vehículo que transportaba al Capitán Rogers, Romanoff y Wilson y utilizó una arma de electrochoque para noquear al guardia que tenía a su lado. Ella los liberó y escapó con la ayuda de un dispositivo de agujero de ratón. Ella los llevó a la ubicación donde estaba Nicholas Fury y consiguió asistencia médica para Romanoff, quien estaba herida.

Hill le reveló a los tres que Fury no estaba muerto, y que habían desarrollado una manera de detener el Proyecto Insight pero necesitaba la ayuda del equipo. Explicaron su plan para subirse a los Helicarriers y cambiar los chips de configuración para que las armas del Helicarriers atacaran a los otros Helicarriers en lugar de personas inocentes. Rogers explicó sus intenciones de destruir a S.H.I.E.L.D. y HYDRA, ya que creía que aunque HYDRA era el enemigo, S.H.I.E.L.D. era un sistema que no funcionaba. Hill estuvo de acuerdo con Rogers y ayudó a convencer a Fury de que era lo correcto.[3]

Batalla en el Triskelion
Hill irrumpió en el Triskelion con Steven Rogers y Samuel Wilson. Ella los coordinó en su intento de desactivar y destruir el Proyecto Insight. Mientras Rogers y Wilson desactivaron los Helicarriers, Natalia Romanoff se infiltró en la sala de conferencias principal para capturar a Alexander Pierce con la ayuda de Nicholas Fury. Hill se quedó en el centro de mando, ordenando y haciendo seguimiento al equipo durante la misión. Ella se defendió varias veces de ataques de agentes de HYDRA.

Durante la batalla, cuando Rogers quedó atrapado a bordo del Helicarrier, él le ordenó a Hill abrir fuego entre los Helicarriers con él aún a bordo. Ella a pesar de protestar hizo lo que le ordenó y tanto el Proyecto Insight como los Helicarriers fueron destruidos. Rogers sobrevivió al accidente, y Pierce fue asesinado por Nicholas Fury. Romanoff filtró todos los archivos de S.H.I.E.L.D. y HYDRA en Internet, destruyendo con eficacia S.H.I.E.L.D.[3]

Trabajando para Stark Industries
Después que la Batalla en el Triskelion dejó a S.H.I.E.L.D. en ruinas, Hill visitó el departamentos de recursos humanos de Industrias Stark y fue entrevistada para un puesto de trabajo. Esta fue una medida para protegerse a sí misma de ser puesta en prisión, así como para continuar manteniendo la seguridad mundial.[3]

Ayudando a Phil Coulson
Confrontada por Melinda May
Una noche en Washington, D.C., mientras estaba quejándose con Virginia Potts por las audiencias, Hill notó que algunos agentes pobremente ocultos habían sido noqueados. Hill pidió refuerzos y fue sorprendida al ser confrontada por Melinda May poco después.

May reveló la ubicación de Phil Coulson y le comentó a Hill sobre lo que él sabía sobre su renacimiento. May también le exigió saber quién estaba detrás del Proyecto T.A.H.I.T.I., creyendo que se trataba de Alexander Pierce, su superior que secretamente operaba en HYDRA. Hill confesó que le preguntó a Fury en el pasado, pero él sólo le dijo que "él había enterrado esa información cuando decidió no enterrar a Coulson". May supuso que era una enigma que tenía que resolver y le preguntó si podía preguntarle a Fury directamente, pero Hill insistió que él estaba muerto, aunque May no le creyó. Su conversación fue interrumpida cuando el FBI se presentó, y en ese momento, Hill los reprendió por tomar más de tres minutos localizarla a ella, algo que nunca le habría tolerado a sus propios agentes.[4]

Infiltrándose en la Providencia
Posteriormente, Hill se reportó en la base secreta Providencia de Nicholas Fury con las Fuerzas Armadas de Estados Unidos con la esperanza de que la captura podría utilizarse para prevenir a Coulson y a su equipo ser enviados a la cárcel. El Coronel Glenn Talbot y sus hombres llegaron primero, provocando un enfrentamiento entre él y el Equipo de Coulson, quienes se habían estado ocultando en la base. Coulson exigió saber cómo Talbot encontró la base, y en ese momento llegó Hill y reveló que ella fue quien le había dicho.

Cuando llegaron a la base, Talbot cuestionó al Equipo de Coulson, mientras que Hill se reunió con Coulson y trató sin éxito de hacerle entregar la base a Talbot y a sus hombres; ella le recomendó que entregara algunas pequeñas informaciones sobre las bases de S.H.I.E.L.D., pero ésto molestó a Coulson todavía más. Coulson se negó y le dijo que su prioridad debería ser la de seguir al traidor de John Garrett y a Grant Ward, quienes habían sido revelados como agentes de HYDRA, que eran los responsables de la muerte de Victoria Hand, y que éstos habían secuestrado recientemente a la Agente Skye. Hill tomó una decisión y ayudó a Coulson a combatir al Coronel Glenn Talbot y sus hombres, antes de que ella y Equipo de Coulson escaparan.[4]

Confrontando a Grand Ward
"Maria Hill. Esperaba que hubieses caído con el Triskelion."
"Y yo esperaba que no fueras la falsa escoria que has resultado ser, pero aquí estamos."
―Grant Ward y Maria Hill[fnt.]
El Equipo de Coulson fueron capaces de localizar a Grant Ward, que estaba tratando de escapar con Skye y Michael Peterson en el Autobús. Hill, dentro de un jet de S.H.I.E.L.D., enfrentó a Ward en Los Ángeles y le ordenó que se rindiera. Ward mencionó que muchos perdieron el respeto por Fury cuando la eligió como su segunda al mando y, que si Fury necesitaba una cara bonita cerca, pudo al menos haber elegido a Romanoff. Hill no le siguió el juego y lo amenazó con dispararle si intentaba escapar con Skye. Ward sin embargo dejó en claro que él sabía que esa era una amenaza vacía ya que Coulson nunca le permitiría sacrificar a Skye. Hill continuó distrayendo a Ward lo suficiente como para permitir a Coulson filtrarse a bordo del avión. Ward despegó sin saber sobre la presencia de Coulson; Coulson tuvo éxito y escapó del avión con Skye.

Más tarde esa noche, Coulson solicitó unas habitaciones en un pequeño motel para él y su equipo; él le comentó a Hill que necesitaba establecer tácticas de respaldo para él mientras se preparaba para atacar a John Garrett, pero Hill le dijo que no había realmente ninguna ya que S.H.I.E.L.D. se acabó. Hill le pidió a Coulson y a su equipo que no actuaran como si fuera alguna misión aprobada oficialmente, y que una vez que Garrett habría sido detenido, tendrían que ocultarse. Ella le dio a Coulson una oferta para trabajar para Tony Stark en lugar de ir por su cuenta, pero Coulson se negó. Coulson le pidió que saludara a Stark de su parte, pero cambió de opinión cuando recordó de que Stark todavía creía que él estaba muerto. Hill luego se retiró sin decir adiós.[4]

Búsqueda del Cetro
Hill contactó con Phil Coulson, después de que él localizara con éxito el Cetro que estaba en posesión del Barón Wolfgang von Strucker en Sokovia. Ambos discutieron los recientes acontecimientos que implicaban los intentos de Robert Gonzales por tomar el control de la base. Coulson y Hill se burlaron del método de Gonzales de poner cada decisión a votación. Con la ubicación del Cetro confirmado, Hill le preguntó a Coulson si el protocolo Theta estaba listo, y Coulson le respondió que lo estaba y le ordenó enviar a los Vengadores para acabar con la base de HYDRA y recuperar el Cetro.[5]

Vengadores Unidos
Trabajando con los Vengadores
Tras el exitoso ataque sobre la base de instalaciones de HYDRA y la captura del Cetro y el Barón Wolfgang von Strucker, Hill recibió y saludó a los Vengadores en la Torre de los Vengadores. Mientras Hawkeye estaba siendo llevado a recibir atención médica, Hill habló con el Capitán América acerca de los gemelos Maximoff, a quienes se habían encontrado durante la batalla; Hill explicó los poderes de manera detallada a Rogers, pero luego cambió los términos por unos menos complicados para que fuera más claro para él.[6]

Celebración
Hill estuvo presente en la fiesta organizada por Tony Stark en la Torre de los Vengadores. Ella estuvo conversando con Stark, Thor, y el Coronel Rhodes, y sarcásticamente opinó como Virginia Potts y Jane Foster se habían perdido la fiesta. Después de la fiesta, ella se sentó cerca del ex-agente de S.H.I.E.L.D., Clint Barton, mientras algunos de los Vengadores intentaban levantar el martillo de Thor sin éxito; Hill no intentó ni siquiera de tratar de levantar el martillo.[6]

Ataque en la Torre de los Vengadores
El grupo fue interrumpido por Ultrón; Hill fue la primera en cargar su arma y se unió al equipo en una pelea contra él y sus Centinelas. Finalmente, el cuerpo de Ultrón fue destruido y se vieron obligados a hacer un plan para hacer frente a la nueva amenaza.[6]

Ocultando a los Vengadores
A raíz del Duelo de Johannesburg entre Iron Man y Hulk, el público culpó a los Vengadores por la destrucción masiva causada. Maria Hill llamó a Clint Barton mientras él pilotaba el Quinjet y le recomendó que se ocultaran por un tiempo, ya que el equipo todavía se estaba recuperando de los efectos de Wanda Maximoff. Barton le aseguró que él sabía dónde podían ir, llevándolos a su casa de campo.[6]

Batalla de Sokovia
Nicholas Fury solicitó que Hill se uniera a él para planificar un equipo de apoyo para la batalla de los Vengadores contra Ultrón. Hill se ocupó de reclutar a varios antiguos agentes de S.H.I.E.L.D., incluyendo al técnico Cameron Klein y tomaron posesión de un viejo Helicarrier. Cuando llegaron a Sokovia, encontraron a los Vengadores involucrados en una batalla masiva contra los centinelas de Ultrón. Luego Hill envió las embarcaciones de rescate para salvar a los civiles, mientras Máquina de Guerra ayudaba a deshacerse de los centinelas. Uno de los centinelas de Ultrón logró atacar al Helicarrier durante la batalla, pero Hill y Nicholas Fury lucharon y lo destruyeron antes de que hiciera más daño a la nave. Finalmente, la batalla fue ganada, los civiles fueron salvados y Ultrón fue destruido.[6]

Centro de los Nuevos Vengadores
Después de la batalla, Hill estuvo presente en el Centro de los Nuevos Vengadores, coordinando la nueva encarnación de los Vengadores.